Auf dem Wappen sind die Rapperswiler Rosen und eine blaue horizontale Wellenlinie abgebildet, die den Fluss Jona und den Zürichsee symbolisiert. Das neue Wappen wurde an der Gemeindeversammlung am 1. Dezember 2005 im Rahmen der Abstimmung über die neue Gemeindeordnung angenommen.

Verwendung des Gemeindewappens durch Vereine, Institutionen, Organisationen, Privatpersonen u.ä.
Für die Verwendung des Gemeindewappens gilt das eidgenössische Wappenschutzgesetz (https://www.fedlex.admin.ch/eli/cc/2015/613/de). In Art. 8 des genannten Gesetzes ist der Gebrauch der Wappen abschliessend geregelt. Die Wappen der Gemeinden dürfen grundsätzlich nur vom Gemeinwesen gebraucht werden, zu dem sie gehören (Art. 8 Abs. 1 WSchG). Zusätzlich ist die Verwendung des Wappens in speziellen Fällen erlaubt, z.B. der Ausschmückung von Festen (Art. 8 Abs. 4 WSchG).

Darüber hinaus können die Gemeinden gemäss Art. 8 Abs. 5 WSchG den Gebrauch ihrer Wappen durch andere Personen (oder Vereine, Institutionen, Organisationen u.ä.) in weiteren Fällen vorsehen. Ein solcher Gebrauch muss vorgängig durch die Gemeinde bewilligt werden. Dafür zuständig ist der Stadtrat.