Die veränderten Gleisbelegungen in Rapperswil führen auch am Bahnhof Jona zu Änderungen der Gleisbelegung. Die Züge in Fahrtrichtung Uster/Zürich verkehren neu ab Gleis 1, auf der Seite Grünfels ab dem Perron West; in Richtung Rapperswil/Pfäffikon ab Gleis 2, auf der Seite des Bushofs ab dem Perron Ost. Die SBB informieren hierzu die Fahrgäste mittels Plakaten direkt am Bahnhof Jona. Die Stadt wurde 2014 erstmals von der SBB über diese Änderungen informiert. Geplant war ursprünglich eine veränderte Gleisbelegung für die Dauer von einem Jahr. Nun wird die veränderte Gleisbelegung länger dauern.

Der Kanton St. Gallen, die Stadt sowie auch die Region ZürichseeLinth sind von der angekündigten Gleisänderung in Rapperswil überrascht worden. Sie können nachvollziehen, dass es aufgrund der Umstände kurzfristig nicht mehr möglich ist, dies rückgängig zu machen. Es wird aber klar gefordert, dass ein perrongleicher Umstieg in Rapperswil aus Richtung Uznach (S6) an die S5 Richtung Uster/Zürich und umgekehrt spätestens mit dem Bau der Doppelspur zwischen Schmerikon und Uznach und dem damit verbundenen Angebotsausbau im Linthgebiet im Dezember 2019 (Fahrplan 2020) wieder zur Verfügung steht.